Ο κήπος του Μουσείου περιλαμβάνει παλιά δέντρα, αλλά και νεότερα, θάμνους, αρωματικά, φαρμακευτικά και άλλα φυτά με τον πανύψηλο κέδρο του Λιβάνου στο κέντρο του κήπου.

Δέντρα όπως αγριοκαστανιά, έλατο, πλάτανος, χαλέπιος πεύκη, κουκουναριά, τρία είδη δρυός, κυπαρίσσια, χαρουπιά, λωτός, κουτσουπιά, δάφνες, ελιά, αμυγδαλιά, φοίνικες κ.α.

Θάμνους όπως κουμαριά, πυξάρια, ροδιά, πασχαλιά, σπάρτα, φλόμο, μυρτιά, σχίνο, τεύκρια, πικροδάφνη, αγγελική κ.α.

Αρωματικά, φαρμακευτικά και άλλα φυτά όπως δεντρολίβανο, ρίγανη, φασκόμηλο, μαντζουράνα, δυόσμο, τσουκνίδα, λεβάντα, αρμπαρόριζα και τέσσερα είδη παιωνιών, ίριδες, κρόκους, νούφαρα, καλάμια κ.α.